дения:

http://www.joelonsoftware.com/articles/BuildingCommunitieswithSo.html со слов "OK, but can't you at least have branching?"
http://community.livejournal.com/ru_ucdesign/113460.html вся ветка
http://usabilist.de/seeking/ru/return-of-the-forums/ со слов "Ты дерево, твоё место в саду"

Достоинства дерева:
- удобно, когда есть неодназначная тема из которой рождаются отдельные ветви обсуждения т.к.
* можно обсуждать конкретный вопрос с конкретным человеком
* можно быстро понять, что ветка неинтересна и не читать все сообщения в ней
- удобно, когда топик содержит много сообщений - какой бы ни была тема топика возникнут различные ветви дискуссии

Достоинства плоского вида:
- удобен, когда дискуссия должна придерживаться одной темы и не растекаться мыслью по древу, которого и нету, собственно =)

Мысли для обсуждения
Заголовков не будет ни в том ни в другом режиме т.к. достаточно трудно комментировать каждое сообщение заголовком, особенно когда сообщение состоит из 10 предложений ) Очень часто древовидные топики представляют из себя ветки заголовков с пустыми телами.
Таким образом отображение деревьев будет в стиле livejournal, когда сообщения показываются целиком.
Шибко большие деревья нужно частично сворачивать. Свёрнутые блоки будут представлять из себя начала сообщений по N символов длиной.
Можно сворачивать в нескольких режимах:
- свёртка длинных веток
- свёртка старых сообщений т.е. концы всех свежих веток будут развёрнуты, всё остальное свёрнуто
Сообщения в плоском режиме тоже можно сварачивать подобным образом т.е. избавиться от строки навигации по страницам темы.

Не знаю, чем объясняется - может это какая-нибудь особенность психики - но всегда по возможности включаю плоский.